Para comparar 2 tablas de una base de datos SQL SERVER 2005 tenemos las sintaxis except e intersect.
Esto retornara todos los registros de table1 que no coincidan con los registros de table2
select * from table1 except select * from table2
Esto retornara todos los registros de table2 que no coincidan con los registros de table1
select * from table2 except select * from table1
Esto retornara todos los registros de table1 que coincidan con los registros de table2
select * from table1 intersect select * from table2
Articulo Original: http://weblogs.sqlteam.com/jeffs/archive/2007/05/02/60194.aspx